Широкий спектр возможностей парсинга данных ВКонтакте обеспечивает наш Сервис Барков.нет, работайте с парсингом и анализом данных в ВК, применяя парсеры (специальные инструменты) Сервиса.
Если есть перечень групп и есть список ID пользователей VK и надо выявить из списка ID всех, кто состоит хотя бы в одной группе, запустите парсинг зеленой кнопкой внизу.
Сначала соберите ID всех участников имеющихся у вас сообществ ВК, указав ссылки на них.
А после сопоставьте имеющийся у вас список айди пользователей ВК со списком участников групп ВКонтакте, применив парсер
https://vk.barkov.net/lists.aspx