Есть список id пользователей, как отобрать из этих пользователей только тех, кто состоит в определенных группах ВКонтакте?

Все действия по сбору, анализу, фильтрации данных ВКонтакте вы сможете совершать, используя парсеры (специальные инструменты) нашего Сервиса поиска целевой аудитории.

Начинайте парсить пользователей ВК, пройдя по ссылке ниже и поэтапно используя парсеры нашего Сервиса.
Начинайте собирать всех участников нужных вам групп ВКонтакте, и парсер соберет список без дублей.
Воспользовавшись парсером “Пересечение баз” https://vk.barkov.net/lists.aspx всавляйте в одно из окон ваши собранные айди, а в другое - уже имевшиеся у вас айди.

Парсер сравнит ваши списки, найдя в них общие элементы.

Полезный небольшой видеоурок по этой теме

О сервисе поиска аудитории ВКонтакте

vk.barkov.net — это универсальный набор инструментов, который собирает самые разнообразные данные из ВКонтакте в удобном виде.

Каждый инструмент (скрипт) решает свою задачу:
Например, есть скрипт для получения списка всех подписчиков группы.
А вот тут лежит скрипт для сбора списка всех людей, поставивших лайк или сделавших репост к конкретному посту на стене.
Ещё есть скрипт для получения списка аккаунтов в Инстаграме подписчиков группы ВКонтакте.
И таких скриптов уже более 130. Все они перечислены в меню слева. И мы регулярно добавляем новые скрипты по запросам пользователей.

Полезные ответы на вопросы по этому же функционалу для сбора данных из ВКонтакте