Инструмент, который позволяет из полученного ВК списка ID вычистить другой произвольный список ID - один из множества приятных инструментов (парсеров) нашего Сервиса, выполняющих рутинную работу ВКонтакте за вас.
Начните по ссылочке ниже.
Загрузите в обе части поискового окна ваши списки ID VK и задайте команду парсеру на выполнение вычитания данных второго списка из первого ВКонтакте.
Парсер выполнит вашу команду и вычистит из первого списка ID содержимое второго списка.