Применяйте инструменты (парсеры) Сервиса barkov.net для работы со сбором данных ВКонтакте, а также вы сможете выполнять различные действия со списками данных ВК.
Убрать дубликаты ВК можно, начав работу по ссылке ниже.
Укажите собранные предварительно данные в едином формате (ссылками или айди).
Запустите парсер в работу и он уберет найденные дубли ВКонтакте.
Если же вы будете парсить подписчиков групп ВКонтакте по ссылка на группы (применяя парсер
https://vk.barkov.net/members.aspx), в итоговом отчете будут все подписчики этих групп ВК без дубликатов.