Применяйте инструменты (парсеры) Сервиса barkov.net и вы сможете работать не только с парсингом всех доступных данных ВКонтакте, но и работать со списками ссылок или айди, сравнивая их, находя общие или различные элементы, вычитая из одного другой.
Если перед вами стоит задача вычесть из одного списка другой список VK, начните по ссылке ниже.
Оба ваших списка ВК (в едином формате) введите в две части поискового окна, расположив слева тот, из которого нужно вычесть, а справа - тот, который нужно вычитать.
Дайте команду парсеру и он выполнит эту задачу.
Предварительно привести списки к единому формату вам поможет конвертер для пользователей ВК
https://vk.barkov.net/converter.aspx или для групп ВКонтакте
https://vk.barkov.net/groupsconverter.aspx